Puedes instalar cpulimit y limitar una determinada aplicación en ejecución, ya sea por nombre o por el ID del proceso:
cpulimit -e firefox -l 30
El comando anterior no va a dejar que Firefox vaya más allá de un 30% el uso del CPU.Si prefieres ir por el proceso, puedes hacerlo de este modo:
cpulimit -p 3493 -l 40
Esto limitará el proceso número 3493 al 40% (Consumo del CPU).
[Source]

Interesante. No conocía cpulimit. En caso de usarlo quizás te interese saber … ¿Qué procesos están consumiendo más CPU?
$ ps -eo pcpu,pid,user,args | sort -k1 -r -n | head -2Te muestra los dos procesos que están monopolizando o comiéndose más CPU. Podrías cambiarlo para que te muestre una lista mayor de procesos (head -X), por ejemplo:.
$ ps -eo pcpu,pid,user,args | sort -k1 -r | head -10#Muestra los 10 procesos que más consumen
o también…
$ ps -eo pcpu,pid,user,args | sort -r -k1 | less#Muestra una lista paginada (less) de todos los procesos
Tampoco conocía cpulimit.Gracias pablitofuerte por el comando.