En algunas distros encontramos la GUI en el settings-manager y la configuraciòn es muy fàcil, de no aparecer esta opciòn podemos configurar los temas de notificaciones de dos maneras, ya sea lanzando la GUI de configuraciòn manualmente o editando via el editor de configuraciones (Xconf). Ambas son muy simples tambien!.
1- Lanzndo la GUI:
Desde un terminal corremos el comando xfce4-notifyd-config
Existen varios temas a escoger por defecto, yo he tomado default un tema claro.
2- Configurando via el editor:
Haciendo doble click en la orden podemos editarla y cambiar los temas.
Cualquier tema puede ser configurado manualmente via /usr/share/themes/nombre-del-tema/xfce-notify-4.0/gtkrc.
Enjoy!.